دو نینجای آمریکایی به نام‌های جو آرمسترانگ و شان دیویدسون با یکدیگر متحد می‌شوند تا با یک تروریست و گروه نینجاهایش مبارزه کنند.

جکسون بازگشته است و اکنون یک شریک جدید به نام شان دارد که قهرمان کاراته است. آن‌ها باید با یک تروریست مرگبار معروف به «کبرا» روبرو شوند که شان را به یک ویروس مبتلا کرده است. شان و جکسون چاره‌ای جز مبارزه با کبرا و گروه نینجاهای او ندارند.

بیماری در یک کلینیک خصوصی مخصوص مبتلایان به اختلالات جنسی، رابطه عاطفی محتاطانه‌ای را با یکی دیگر از بیماران آغاز می‌کند، در حالی که یک قاتل در این موسسه به دنبال شکار قربانیان خود است.